Той е ръководител на Катедра астрономия и чете лекции повече от 40 години по астрономия. Написал е първите учебници по тези дисциплини “Астрономия”, “Теоретична астрономия” и “Астрофизика”, които са преиздавани многократно. Най-висока оценка от астрономите получават неговите изследвания за кратерите на Луната и Марс, големите кратери са от вулканичен произход, а по-малките – от метеоритен произход. Тези научни резултати на Бонев са общоприети в науката и могат да се прочетат във всеки съвременен учебник по астрономия.

       Освен научната и преподавателската дейност, Бонев е развил огромна обществена и организационно-научна дейност. Ръководител е на Катедра астрономия и Астрономическата обсерватория на Софийския университет в продължение на 40 години. Директор е на Института по астрономия при Българската академия на науките – 24 години. Инициатор е за построяването на Националната астрономическа обсерватория (НАО) – Рожен, която е най-голямата обсерватория в Югоизточна Европа и е гордост за българската наука.